据阿拉伯《科学书目》和李约瑟博士《中国科学技术史》记载，从唐代到五代，穆斯林就曾将阿拔斯时代大医学家拉齐所译古希腊医学家盖伦的医学著作16卷带人中国。宋代，穆斯林的药物学和药材大量传人中国。南宋嘉定至宝庆(1208～1227年)年间任福建路市舶提举的赵汝适，在他所撰写的《诸蕃志》中，记载输入中国的穆斯林药材十几种，如乳香、没药、血碣、苏合香油、桅子花、蔷薇水、丁香、没石子、木香、阿魏、芦荟、珊瑚树、真珠、象牙、腽肭脐、龙涎等。这些药材都直接为中国医药学家所采用。元明时期，是穆斯林医药学在理论上概括、总结、成熟的时期，也是穆斯林医学与中国传统医学相互借鉴、相互吸收，走向交融的时期。

    中国穆斯林不但翻译介绍了伊斯兰世界的医学、药学著作，而且还通过自己的实践和研究，撰写了医学著作。这方面，应首推五代时期李珣的《海药本草》。在这部著作中，李珣记录了上百种药物，特别介绍了15种海外新药，并对这些新药的名称、形状、气味、主治、功能、用法都作了详细说明，李珣还以科学、严谨的态度研究了中国传统医学著作，对其中的错误进行了修正，并将传统中医学理论与海药特征、药味、药理作用结合起来，阐述了药物“相反”、“相恶”、“相需”、“相使”的功效。这部著作丰富了中国医药学知识宝库，刺激和推动了中国医药学理论的进一步发展。

    《回回药方》是又一部穆斯林编纂的医药学著作。该书没有写作者名字，大概是集体合作完成的成果。原书三十六卷，现仅存残本四卷，藏刊匕京图书馆(国家图书馆)善本部。全书由汉文写就，但含有阿拉伯文、波斯文等多种文字特征。这仅有的四卷计485页，约20万字。这部著作提到的药物种类之多，难以胜数，既有穆斯林传统药物，也有一些中药。该书把医学内容分门别类，堪称是一部内容丰富，体系完备的医学百科全书。这部书以叙方为主，方论结合，穆斯林药物与传统中药并用，既有中国式的丸、散、膏、汤，又保存有阿拉伯式的芳香挥发药、油剂、糖浆剂等药，可以说是伊斯兰文化与汉文化交融的结晶。宋岘先生对该书给予了高度评价，他从几个方面肯定了该书的价值：第一，它传播了一种新的与传统中医学风格迥异的完整的医学体系，包括新的医术，新的卫生保健法。介绍给中国一种那个时代最先进的医学成就；第二，极大地丰富了中医的本草学；第三，丰富了中国古人的世界人文地理知识；第四，为解决中西文化交流中的存疑提供了详细的考证材料（详见杨怀中、余振贵主编，宋岘等参编的《伊斯兰与中国文化》，第263～328页）。

    另外，明朝李时珍的《本草纲目》中有大量穆斯林医方。