约公元1274年，（元朝至元10年）一些回族上层人士陆续被派往武昌充任地方官员，其随员及家属定居 武昌者甚多。 

    明代是回族迁入武汉的重要时期，元至正二十四年（1364年）明军攻占武昌，一批回族将领被派来武昌 驻守，其家属亦落籍武昌，在长虹桥一带形成武昌早期的回民聚居点。随后大批明朝有功穆斯林来到武昌定居。据回族马、定、王三姓族谱记载：明初马姓三世祖 马俊随征有功，于“宣德六年调任湖广都司勋封怀远侯而籍武昌”。定姓的祖先随元太祖的回回军进入内地，定氏“二世祖宝录公，以武功佐明太祖，洪武十三 年分藩来楚，授武昌指挥，晋爵将军”。王姓“洪武十四年任武昌王府中营保驾指挥兼理兵马使司”，落藉武昌。由于回族聚居的宗教生活需要，于明洪武八年 （1375年）在武昌辕门口修建了武汉地区第一座清真寺，即武昌辕门口清真寺。明朝中叶，汉口镇崛起。江浙一带的回商溯长江而上，陕西一带回商顺汉水而下， 汇三镇，大多数穆斯林居住汉口，汇汉口广益桥、汉阳顿甲岭一带，形成新的穆斯林聚居点。 

    清代以后，三镇成为商品集散地，江苏、陕西、甘肃、河北、江西、河南、安徽等省的回族商贩、手工业者 陆续来汉经商定居，并于1718-1735年间修建了万寿宫清真寺和广益桥清真寺。1851-1874年间修建了青龙巷清 真寺和城外清真寺。清同治五年（1866年）陕甘总督左宗棠率兵镇压回民起义，致使西北回穆斯林大量逃亡。有一部份南下来到武汉，定居武昌卓刀泉附近的马家庄， 扩大了原马家庄的回民聚居区。光绪三十二年（1906年）前后，河南连年干旱，加上黄河泛滥，周口地区大批回族群众逃荒来到武汉，聚居在刘家庙，于1918年 修起了刘家庙清真寺。 

    近代回族流动不小，很多回族产业工人，工程技术人员、大学学生、科研人员随着人材流动来到武汉定 居，形成新的穆斯林群体。