新疆的回族，历史悠久。因地处丝绸之路孔道，回族先民自唐宋以来，便途经新疆至中原地区经商，其中有不少人定居新疆，是为新疆回族最早的迁居者。元明两代，回回人至西（西亚、中亚）从东（中原地区）迁入，在此屯田、经商、卫戌。至此真正开始了新疆回族的历史，自清一代，因天灾人祸，经商谋生等原因，不少东部省份回族长途跋涉来到新疆，使新疆回族人口大幅度上升，最终成为新疆历史上一只庞大的社会力量。

    十三世纪初叶，由于成吉思汗西征而随军东迁的波斯人、阿拉伯人和西中亚各族人，这些人大部分被遍为“探马赤军”。据《元史》卷17《世祖本纪》记载：至元年间（十三世纪下叶），新疆滕竭尔便有屯田回回3000户。滕竭尔，是指胜纳合尔或特纳格尔，即今昌吉回族自治州阜康县，这里一直是重要的回回垦区。清雍正、乾隆两朝，开始在全国范围内推行歧视和压迫回族的政策。乾隆三十六年，清政府以“屯垦实边”为名，将陕甘回民集体迁徙新疆。据当时户口统计，甘肃一地迁居迪化（今乌鲁木齐市）便有2万人以上，在大坂城居住的就有500户。通过大规模屯垦戌边，到19世纪60年代，回族已在新疆，尤其是北疆地区居民中占相当比重。当时整个整个的县城，如玛纳斯县，居民一色是回族人，就连当时作为大行政中心的乌鲁木齐城里，回族人也汉族人、满族人多，而在伊犁河谷更多。

  “回回善营利”，“回回商人遍天下”是回族经济一显著特点。永乐正统年间（公元1403—1435年）从中西亚地区地区来此经商的穆斯林，他们定居下来，成为哈密最早的回族先民。永乐十八年（公元1420年），哈密回回已有了清真寺，爱米尔.法哈鲁丁为教长。随着乾隆年间开始向新疆的移民，来自陕甘两省的回民很快即在北疆的移民中占了绝大部分。他们中的许多人还冲破清政府的禁令，迁往南疆，在那里开饭馆和贩茶为生。道光年间，在叶尔羌就有一个由回民商人组成的团体。当时新疆的客店、饭馆也大多掌握在回族人手里。

    陕甘回民起义后，大批回民退至新疆。清政府采取“分而治之”的政策，在新疆大量安置了失败的起义者。后白彦虎带部分人马去了沙俄，但他们的许多后裔又回到了新疆，和当时未离开新疆的回族群众定居于伊犁、焉耆等地区。清政府还对陕甘起义回民实行迁徙政策，陕甘大批回民被迫迁居新疆。光绪二十三年（公元1897）年，青海湟中县回民起义，义军战败后被安置在罗布卓尔的便有6000余人。

    回族卫戌新疆的历史早在元至元年间，就有大批回回人卫戌在南疆和田一带。在今昌吉回族自治州也有回回军士戌守。清代，更有大批回族兵士在新疆垦田戌守。平定张格尔叛乱后，清将屯田区扩展至南疆阿克苏、库车、和田以及喀什噶尔，这一带回族均以驻防为主。咸同年间回民起义时，叶尔羌驻军半数以上为回族。据阿古柏伪政府时俄国使团的调查，当时仅南疆西部回族士兵已达15000余人。

    左宗棠进军新疆时，带来了由被招抚的陕甘回民起义军组成的部队——“旌善五旗”。当时阿古柏被平定后，这支部队被遣散留新屯田。这种伴随着军事活动的大迁移，延续到1934年马仲英率上万官兵入新和解放前夕马呈祥骑五军驻防新疆。随着军事活动的终止，这两支部队的回族官兵大都定居新疆。

    由于连续多年的甘青宁地区教派的争斗，使许多回族迁居新疆。此外由自然灾害所迫，背井离乡，逃荒到新疆谋生的回族也不在少数。如1928年，甘肃固原发生大地震，许多回族家破人亡，只好“走西口”。而今米泉羊毛乙一带的回族就大多是从青海南丰羊毛沟迁来的。